水箱自潔消毒器采用臭氧消毒法對水體進行消毒。，其原理在于經(jīng)過水箱自潔消毒器處理后，水中細(xì)菌和藻類的生態(tài)環(huán)境發(fā)生變化，生存條件喪失而死亡。任何一種生物都有其特定的生存生物場。電荷在生物體內(nèi)的分布個運動，受到生物體外環(huán)境電場變化的影響，從而影響機體的生命運動。地球上的微生物一般只能適應(yīng)并生存于地球表面的電場強度（130V/m）中，改變電場強度，可改變或影響細(xì)菌和藻類的生物代謝，如基因表達程序、酶活性等，使細(xì)菌和藻類生存環(huán)境惡化，達到殺滅細(xì)菌和藻類的目的。

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同時由于臭氧原理，通過化學(xué)反應(yīng)，使水中溶解的氯離子、水分子產(chǎn)生以下強氧化性物質(zhì)：次氯酸（HCIO-），二氧化氯（CIO2），臭氧（O3），活性氧（O）、分子氯（Cl2）等。上述氧化性物質(zhì)通過擴散和循環(huán)對水箱、水池中的所有水及水箱、水池內(nèi)壁進行處理，破壞水中及水箱、水池內(nèi)壁的細(xì)菌、藻類微生物細(xì)胞，達到消毒、滅藻、仰菌的效果。